Contagem de bactérias no oceano mais rápida que nunca: a citometria de fluxo automatizada

As bactérias são fundamentais nos ecossistemas marinhos e desempenham funções chave no ciclo de nutrientes e nas redes alimentares; por esta razão, é tão importante a sua contabilização no oceano. Contá-las ao microscópio é semelhante a contar estrelas, um trabalho lindo mas aborrecido; felizmente os investigadores contam agora com uma máquina, o citómetro de fluxo, para os ajudar nesta tarefa. O citómetro de fluxo aspira a amostra de água, comprime-a num fluxo estreito que passa por um feixe a laser e que contabiliza o número de bactérias que surgem. Para poder ver as bactérias, temos que “pintá-las” con um corante especial que se une ao material genético e emite luz verde sempre que se excita com um laser azul. O problema é que, nas campanhas de amostragem oceanográficas os dados para a citometria de fluxo são recolhidos e armazenados em garrafas em estações de amostragem separadas por kilómetros, o que gera uma visãofragmentada das comunidades bacterianas naturais. Neste estudo, propomos a aplicação de um método automático de amostragem, coloração e contagem de bactérias para melhorar a resolução do conjunto de dados que se podem obter. Osistema consta de un citómetro de fluxo ligado a um colector automático que recolhe as amostras de água oceânica superficial a cada 15 minutos mediante uma torneira ligada a uma bomba de entrada (situada a 5 m de profundidade). Este sistema foi testado durante cinco dias numa campanha pelo Mediterrâneo. Foi possível a recolha, coloração e leitura de 366 amostras de forma completamente automatizada, permitindo a detecção de grandes variações na abundância de bactérias a distâncias relativamente curtas e ao longo do mesmo dia. Estes dados revelam uma elevada heterogeneidade das comunidades bacterianas, que poderia passar despercebida com uma amostragem não automatizada. Devido à sua alta resolução, este método apresenta um grande potencial tanto para cobrir grandes áreas de amostragem como para monitorizar in situ ciclos dia-noite.

Leia o estudo completo  aqui:

Pernice, M. C. & Gasol, J. M. Automated flow cytometry as a tool to obtain a fine-grain picture of marine prokaryote community structure along an entire oceanographic cruise. Front. Microbiol. 13, (2023).


Texto escrito por Massimo C. Pernice e editado por Clara Ruiz e Félix Picazo